Bozdoğan'ın eski bir yerleşin birimi olduğu, İlçenin idari sınırları içersinde bulunan Yunan, Selçuk ve Osmanlı dönemine ait çeşitli kalıntı ve halen yaşayan eserlerden anlaşılmaktadır. Yapılan kazılarda Kavaklı Köyü yakınlarında Arya Devletinin ( Bergasa ) şehri, Yazı kent ve Koyuncular Köyü yakınında ( Neopolis ) şehri kalıntılarına rastlanmıştır. Körteke Köyündeki Körteke Kalesinin Rola, Örtülü ve Konaklı Köylerindeki tarihi sarnıçları ile Kemer Köprüsünün Selçuklu yapıtları olduğu bilinmektedir. İlçe Merkezindeki Çarşı, Pabuşçuoğlu, Baltacı oğlu ve Hıdırbaba Camiiler ile Mermer Köprü ve çeşitli höyükler Osmanlı eserleri olarak halen yaşamaktadır.

Bozdoğan'ın bilinen ve yazılı olan tarihi 13.yüzyılda başlar. Bu yıllarda Anadolu'nun bazı bölgelerini ele geçirmeye başlayan Selçuklu Boyları bölgeyi Bizanslılardan alarak 14.yüzyılda Bozdoğan, Aydınoğullarınca kasaba haline getirilmiş ve askeri amaçla geliştirilmiştir. Daha sonra Aydınoğulları Beyi, İsa Bey'in Osmanlı Hükümdarı Yıldırım Beyazıd'a itaatini bildirmesi üzerine Bozdoğan 1390 yılında " Beylikle " birlikte Osmanlı yönetimine bağlanmıştır.    

 Tanzimat’tan sonra yapılan İdari düzenleme ile Bozdoğan 1879 yılında kaza olmuştur.

            1.Dünya Savaşı'ndan da yenik çıkan Osmanlı Devletinin elinde kalan son Anadolu toprakları da batılı devletlerce işgale başlandığı 1919 yılı bahar aylarında Aydın çevresi Yunan ve İtalyanlarca kuşatılmıştır.27 Mayıs 1919 ' da Aydın'ı ı işgal eden Yunan birlikleri Umurlu, Sultanhisar, Köşk ve Atça'ya kadar ilerledi.4 Haziran' da Nazilli işgal edildi. Bozdoğan ne Yunan ne de İtalyanlarca işgal edilmedi. Ancak yörenin kendi özelliği olan zeybek geleneği ve efelik kurumu, düşman işgallerine karşı ilk direnişlerini göstererek, Kuva-yı Milliyenin çekirdeğini meydana getirmiştir. Yöremizin ünlü efeleri Yörük Ali ve Demirci Mehmet İşgale uğramamış Bozdoğan çevresini merkez olarak kullanmış, milis güçlerini toparlayarak çeşitli cephe ve bölgelerde ilk ulusal direnişi vermişlerdir.